Совсем забыл упомянуть про одну "особенность" сплющивания прозрачности в Акробате. После нее частенько сбивается кодовая таблица шрифта и многие символы (если не все) "кракозябрятся" или "квадратятся" при копировании текста (копируем фрагмент текста, вставляем в поле поиска в Акробате или в Notebook, упс-несовпадушки). А у РГБ на это дело рефлекс - что-то типа "несоответствие кодировки". Поэтому надо протащить файл через утилиту PDF Recode (в закромах форума хранится, его автор вряд ли этот пост прочтёт, но всё равно - СПАСИБО, ДОБРЫЙ ЧЕЛОВЕК!). Но предварительно надо обработать акробатовским фиксапом "remove document compression" (есть такое ограничение) и сохранить. В большинстве случаев всё становится на место.
И еще кое-какие наблюдения - некоторые малопонятные ошибки неплохо устраняются через акробатовский оптимизатор (по крайней мере у меня) - см. скрин (на примере инфернального "Real value out of range").