Ой! Как я мог забыть? ')'
Самый простой способ, если спотами раскрашены только вектора и не втянуты всякие дуотоновые растры.
Вначале выделите и удалите неиспользуемые краски. Потом каждый спот в палитре переведите в CMYK с помощью выпадающего меню или кнопочки (зависит от версии Иллюстратора). Получите только CMYK, даже в градиентах. Дело в том, что именованные цвета (глобальные или споты) не могут быть произвольно заданы вне палитры, в отличие от простых закрасок в CMYK.
Того же самого можно добиться, просто вычистив Swatches. Важно, чтобы в колор-стилях документа стоял CMYK, а не RGB.
Оверпринты, естественно, нужно сохранять. Ещё, помнится, в 8-м Иллюстраторе была имитация прозрачного наложения с помощиью встроенных функций. Где - не помню. Но поискать в 12-м стоит.