Ответ: Photoshop CS + TGA + Alpha
просто надо реально создавать этот альфа канал, а не полагаться на транспаренси.
До 7го фотошопа именно так все и работало.
Простейший способ - ктрл-клик на вашем одном слое (создается выделение), потом в каналах щелкаем на иконке нового канала и сразу создается нужная альфа. Я лично был не доволен, когда при открытии тга файла была прозрачность а не роднаяя альфа и созданный мною фон.
А не попробовать ли вам TIF?