Select by ink coverage нормально работает на сепарированном pdf. Т.е. задаешь меньше скольки процентов, и минимальную область, я задавал меньше 0.5мм.
Но если растровый объект, на прозрачном фоне, то, думаю, его надо маскировать контуром, повторящим этот объект. Иначе все вокруг прозрачное будет меньше любого процента )).
С маскировкой я не пробовал — чисто предположение.
Да и не рационально, с т.з. допечатных работ, каждый объект маскировать