Существует всего два способа хранения настроек в иллюстраторе 1) настройки каждого конкретного документа, применяемые к создаваемому документу по умолчанию и сохраняемые в документе. Они хранятся в соответствующих темплейтах документов и могут быть изменены там. 2) общепрограмные настройки иллюстратора, которые не зависят от документа вообще и не меняются при открытии нового документа. Эти настройки хранятся в файле aiprefs или его аналогах для более поздних версий.
Все просто.