Вот совет, который был опубликован на сайте InDesignSecrets.com 10 лет назад, а теперь весь архив переехал: 
Color By Frame | CreativePro Network
		 
		
	 
А теперь, друзья, поднимем старую тему о 
покраске векторных изображений с прозрачностью в InDesign — на этот раз с использованием 
этого же способа.
Имеются векторные картинки (элемент оформления рубрик), которые 
1) должны присутствовать в списке 
Links; 2) хочется красить в InDesign в фирменные 
цвета; 3) фон должен быть 
прозрачный. 
Картинок — 10, цветов — 5. Можно сделать 50 картинок и использовать их. Но задолбаешься же! 
Можно, конечно, вставить вектор прямо в InDesign и красить напрямую, присваивая цвет (Fill). Однако цель —
 видеть, сколько именно и каких картинок использовано. 
1. Делаем в Illustrator картинки с чёрной заливкой. Фон у них 
прозрачный. Файлы .ai
2. Помещаем картинку в InDesign (через Place). Выбираем не фрейм, а объект.
3. Присваиваем объекту эффект 
Object > 
Effects > 
Inner Shadow с режимом наложения 
Normal, выбираем 
цвет — какой вам нужно, параметры Distance и смещение по x и y 0 мм, а вот 
размер делаем конский. Например, 200 мм.
4. Записываем это как объектный стиль для данного цвета и вешаем на хоткей (дело вкуса). Делаем такие 
стили для каждого цвета.
Недостатки: надо привыкнуть красить не свотчами, а объектными стилями. Надо выбрать размер эффекта с хорошим запасом. И всё!