Ответ: Проблема с Clippngom... и кто виноват?
Не понимает до 7-й версии. И не обязан понимать. По спецификации PS этого понятия не существовало до последнего времени. Поэтому программисты имели полное право игнорировать прозрачности. Потуги реализовать прозрачность оставлены ADOBE. И ввели они эту прозрачность в Иллюстратор только с 9-й версии. Фотошоп, естественно, это умел намного раньше, но растр - это растр, а вектор с прозрачностью в Иллюстраторе - гибрид растра, растровых имитаций эффектов и масок, ограничивающих нужные места.
Что касается Иллюстратора: допустимо втаскивать в него PSD с эффектами. И сохранять в EPS. Но! Есть очень большое "но"... Если не озаботиться некоторыми настройками, то EPS будет несколько другой, чем вы видели на экране. Кстати, Кварк при композитном выводе выдаёт иллюстраторовские ЕПСы как есть. А вот что накуролесили внутрь ЕПСа - это проблема заказчика.
Кстати, с учётом того, что прозрачности в EPS имитируются путём преобразования в плоские растровые объекты, никакой "внешней" прозрачности для приложений типа Кварка там быть не должно. Посему результат закономерный. Индез теоретически может прочесть доп. информацию, по которой сам Иллюстратор восстанавливает первоначальную сцену из EPS, но я не пробовал.