Ответ: Проблемы с выводом одной краски.
Скорее всего, это специфичный баг. Повторить не смог. Можно попробовать проапдейтиться до последних патчей.
Задачу я понимаю. Триадные туда, лак сюда. Но так лучше не делать. Надежнее Тулбоксом отрезать лишнее на выходе. Поведение Сигны при включении/отключении сепараций вручную всегда было странным. Это ее (пока?) не сильная сторона.
Тесты на скорую руку говорят следующее:
1. В настройках вывода PDF, "Other Device". Выборочно отключенные сепарации пропадают, но на шкалах остаются, не смотря на DeviceN в них. На РИПе (Мета) выводится все, как есть - все сепарации, включая "лишние".
2. В настройках вывода PDF, "MetaDimension". В PDF присутствуют все сепарации, но Мета выводит только нужное.
Налицо трудности обработки ремапинга на шкалах. Возможно когда-нибудь будет исправлено.