Лучше всего -- никак. Вы добейтесь сначала, чтобы учебники представляли собой более-менее нормальные epub, без оживления.
Я создал два стиля объекта: для внутреннего и внешнего фрейма (хотя по сути можно обойтись и одним, который для внешнего) и назначил им теги и классы экспорта. Затем экспортировал, смотрел, как InDesign экспортирует эту конструкцию (страшно). В итоге написал короткий дополнительный css, который подключается при экспорте.
Если внешний фрейм в настройках стиля имеет Export Tagging Tag: div и Class: main, то сработает вот такой дополнительный css:
Код:
div.main > div {
overflow-y: scroll;
}
div.main > div::-webkit-scrollbar { width: 0; }