Кажется, я понял, в чем дело. Судя по всему, в данном примере, Quite (а, возможно, и сам индизайн, колонтитулы ведь он расставлял) перемудрил с оптимизацией PDF. Объекты, которые у вас слетают (у меня они конвертируются нормально, как я уже говорил) в файле физически отсутствуют. Вместо объектов в каждом фрейме ссылка на его дубль в другом месте. Это хорошо видно на примере колонтитулов - достаточно сдвинуть или перекрасить/поменять один из них - поменяется и другой на том же развороте.
Теперь, как с этим бороться. Самый кардинальный способ - конечно же, перевод в постскрипт (ну не верю я, что у вас это не работает, этого не может быть, потому что не может быть никогда, вы просто что-то делаете неправильно)!
Помогает так же перевод текста в кривые. Через пистоп или всем известным способом плющения прозрачностей. Кстати, последним способом даже в кривые переводить не надо - можно текст оставлять текстом, но после оптимизации дубли превращаются в независимые объекты.
Теоретически, можно подергать атрибуты текста инфиксом а потом вернуть на место - при пересохранении дубли тоже будут выпилены.