Всем большое спасибо за такой подробный и структурный анализ моего вопроса. Я понимаю, что тему по большому счету можно закрывать).
Была небольшая надежда, что ответят что-то типа: "а ты там-то и там-то галочку ставишь", я открою-поставлю и все станет нормально. Но обсуждение показало, что это системный глюк индизайна и его просто надо иметь ввиду и в некоторых случаях не сильно увлекаться записью PS)
В принципе на офсете это никогда не проявлялось в том плане, что эти разорванные контуры никак не влияли на окончательное полноцветное изображение.
Но вот понадобилась доработка одного файла, как раз в плане того, чтобы дать обводочку, и тут это как раз и проявилось. И бывает, когда целостность контура обязательна, когда эти элементы будут вырезаться.
Резюме этого я понимаю такое - если это офсетный спуск, то можно не заморачиваться через что его делать. А если это макет, который впоследствии возможно будет редактироваться и меняться, то лучше его индизайном через PS не запечатывать.
)