1. EPS - это, условно говоря, чёрный ящик, способный содержать вектор и растры.
2. EPS не может содержать прозрачности в силу своих свойств. Всё, что ухитряется запихнуть туда Иллюстратор - может прочесть только он в режиме Open. В процессе выполнения Place эффекты не втянутся. Хотя, в ЦС5 я не пробовал. А вот если файл оставлять "снаружи", то в макете показывается только превью, которое сгенерировано самим Иллюстратором заранее в линкуемом файле (только в PC-версии, МАК-версия обычно приходит без превью, поскольку маковские ресурсы в виде дополнительных файлов на писюках не читаются). И делается это при сохранении того файла, который поступил для помещения в макет, а не в процессе выполнения Place.
Так что если хотите увидеть качество - сделайте как Вам советовали и включите Overprint Preview. Но будет ме-едленно прорисовываться - если в векторах и эффектах наворотили чёрт знает что.
PS. Если Вас что-то не устраивает в Иллюстраторе - напишите разработчикам. Они обязательно к Вам прислушаются. К сожалению, в нашей среде разработчики из Адобы отсутствуют. Но присутствуют спокойные и уравновешенные люди. В том числе модераторы тем.