Ответ: Русский язык в MathType (remix)
Все некогда разбираться, но меня не покидает ощущение, что при правильно приготовленном шрифте (в смысле encoding) и отредактированном файле fontindo.ini Маттайпа, кириллица может заработать нормально. Но это только смутные предположения.