В продолжение проблемы с кодировкой кириллических шрифтов...
Предложу еще один способ решения проблемы со сбившейся кодировкой при переносе формулы в Инду, опираясь на рекомендации от разработчика MatType (в интерпретации разработчика MT-Script,
Формулы MathType в InDesign с чего начать? || Проблемы и их решения (2. Кириллический текст, набранный в MathType с клавиатуры, отображается в Индизайне и выводится неправильно.)) - в используемом шрифте не должно быть более 224 символов.
Для этого нужно рабочий шрифт, из которого берется кириллица в формулах:
1) открыть в редакторе шрифтов - который позволяет менять формат шрифта и имя семейству;
2) убрать все символы, которые не относятся к используемой кириллице (ну или оставить только какой-нть алфавит - русский, плюс еще какой-нть), уменьшив количество глифов шрифта до "224 символа и меньше";
3) изменить Font info, присвоив новое имя всему семейству своего модифицированного шрифта - это нужно для того, чтобы система не потеряла ваш новый шрифт;
4) сохранить/экспортировать (лучше экспортировать) новый шрифт в нужном формате (otf, ps и др.);
5) установить шрифт в систему (есть только в mathtype или indesign - не знаю);
6) пользоваться...
ps: Чтобы не возникало проблем с авторскими правами, можно обратиться к разработчикам шрифта (если он покупной) и выяснить нюансы - могут ли они сами такой шрифт для вас сделать... В любом случае при сохранении шрифта с новым именем копирайты убирать не надо...