Ответ: Сдвиг двух объектов при сохранении.
Я перед тем как писать сначала проверил: внедрил шоповкий файл, сделал такой же по размеру векторный, save for web. И действительно увидел что объекты различаются на пиксель. Потом растрировал векторный объект, подкорректировал размер и заново выровнял (хотя координаты в палитре были одинаковые!), после этого объекты стали абсолютно одинаковые до пикселя.