Ответ: Сепаратный Пост Скрипт
Не понял почему так все сложно.
Открываете пидиэф, растеризуете 4 или сколько там, страниц, с нужным разрешением в greyscale режиме каждая. Затем flatten image им всем и выбрав любой из документов (попробуйте Cyan), командуете в палитре Channels > Merge... появляется диалог, там выбираете CMYK и проверяете сопоставление цветов и документов, при необходимости правите - ОК. Готово.
Можно прямо пост-скрипт растеризовать, но, тогда каждая сепарация должна быть в отдельном файле.
Еще раз - не забывайте flatten image - после растеризации получается слой, а не Background. Впрочем, можете повесить на событие 'RstT' экшн, который будет сводить слои. В Script Event manager'е.