Блейдси
Вот это
http://mf36.narod.ru/ страничка со скриптами к иллюстратору от Рассадина Павла (rpv), на которой можно обнаружить:
saveLayersToPDF — Сохраняет каждый слой в pdf-файл.
Либо кликать с Alt на глазе нужного для печати в данный момент слоя, чтобы скрыть остальные.