Ответ: Сохранение прозрачности
А вы думали ластик стирает что-то? Но он же цифровой, стирать может только заменяя одни данные на другие. Вот он и заменяет на цвет заднего плана. Если же фиксацию прозрачности отключить, то он и альфу заменит на черный. Что будет выглядеть как стирание изображения слоя.
Прозрачность слоя это альфа-канал, который не отображается в палитре каналов, но его можно визуализировать загрузив как селекцию: Ctrl+Click на иконке слоя. Пикселы слоя не уничтожаются пока значение альфа-канала не равно 0 в каком-то месте. Поэтому любые полупрозрачности можно восстановить до полной непрозрачности путем комбинирования слоя с самим собой: Ctrl+J > Ctrl+E - несколько раз.
Чтобы залить слой по границе альфа-канала, надо или зафиксировать прозрачность (та самая кнопка - шорткат: / ) или прижать Shift во время заливки: например Shift+Ctrl+Del, Shift+Alt+Del.