Наличие нескольких изображений в одном файле картинки не означает что картинка "со слоями". Слой это изображение в определенном документом цветовом режиме с собственной прозрачностью. То есть, к байтам описывающим информацию о цвете, у слоя прибавляется байт описывающий альфа-канал - область прозрачности слоя. GIF не поддерживает альфа-каналы. В гифе изображения хранятся в блоках данных, а область прозрачности описывается пикселами любого выбранного цвета, который в гифе представлен в индексном формате, то есть, в формате указателей на RGB-значение цвета в палитре цветов.
Собственно объяснять тут нечего - попробуйте открыть гиф с несколькими изображениями и спросите себя: ПОчему же они не преобразованы в слои. Попробуйте файл со слоями сохранить в формате GIF.