Для 4-й версии:
File=>Export=>PS or EPS. Выбираете EPS и указываете в какую папку сохранять ваши файлы. Все файлы будут записаны отдельными страницами. Далее прогоните их вновь через Дистиллер с нужными вам установками и всё.
Для Акробата 5-й версии и выше:
File=>SaveAs и там выбираете тоже EPS. Далее также Дистиллером.
Еще можно удалять страницы из PDF-файла и сохранять его отдельными страницами, но это геморройно.
Может кто-нибудь посоветует, что-нибудь лучше. Удачи.