Ответ: Стоит ли делать три слоя?
А вот мне ооочень удобно работать по такой структуре (с самого верхнего - до нижнего):
1 - для всего, что должно быть только сверху: у меня это рекламные модули на полосу / пол-полосы (на всякий случай, чтобы ничем не прикрылись; при этом модули только прямоугольной формы, епс или внутри индиза сделано - без разницы)
2 - колонтитулы, линии, подписи
3 - тут только текст без тенюшек, прозрачностей и т.п.
4 - это фотки и эффекты. Причем если эффект у текста - обязательно только на этом слое, с дополнительной отслежкой, чтобы он лежал поверх обтравленных растров. Также на этот слой кладу eps-ы, ai-шки pdf-ки.
5 - слой, объекты которого должны быть всегда внизу (фон, подложки).
Благо они ещё и по цвету отличаются.
Эту схему продиктовала мне, тыкскыть, жизня - после посещения типографии, отловившей растрированный шрифт 9 кеглем на 18 страницах до вывода пленок. Это было давно, но с тех пор структура всех макетов (даже в Илле) вот такая. И она ни разу не подводила.
Работать в одном слое - это чисто для повышения адреналина при сдаче в типографию или получении тиража
и геморрой все время отслеживать что сверху, что снизу.