Ответ: Тень
Expand appearance отбивает тень, превращая её в растр c прозрачностью, что позволяет делать последующие манипуляции в макете.
Flatten Transparency "складывает" всё что выделено, не оставляя и намека на прозрачность, если не указан параметр Preserve Alpha Trancparency.
P.S. Не забываем еще о том, какое разрешение прописано в Effect>Document Raster Effects Setting