Gif плохо сохраняет градиентные заливки, которой тень как раз является. Для этого существует JPEG.
ПОПРОБУЙ: В фотошопе подложить под иконку слой того цвета, на котором будет иконка в конечной программе и сохраняй все вместе.
ИЛИ: Сохрани тень в JPG, иконку - в GIF. И наложи их друг на друга в конечной программе. (Если делаешь для ВЕБ, то это можно делать, работая со слоями)
ИЛИ: Сохрани иконку как JPG.