Могу предположить, что имеются узловые точки, оставшиеся при удалении отрезков. Попробуйте пошевелить точку, посмотрите, что под ней. Потом можно будет откатить действия назад.
Достаточно частое явление. В ранних версиях производилась чистка от всяческого мусора отдельной командой. Как сейчас - не имею возможности проверить.