Тут дело простое. Поскольку имеющиеся программы не способны распознавать образы с картинок, и поэтому критерий "убрать всю некрасивую грязь" не работает, то придеться или искать те критерии дефекта по которым его сможет идентифицировать программа, или все-таки редактировать вручную, или стирать пленки и пересканировать.
Чтобы найти критерии дефекта для его идентификации с помощью чего программа сможет отличать обработать дефективные области, надо дефект исследовать. По каналам посмотреть, в разных режимах цвета посмотреть по каналам, прикинуть какими характеристиками обладает дефект, которые можно сделать критериями. Например царапины обладают свойством резкой смены цвета. Тогда можно приготовить маску резких областей и отредактировать ее с целью оставить только там изображение маски, где есть царапины. Затянуть белые царапины затем, можно фильтром Other>Minimum. Это почти что ручная работа. Тогда уж проще штампом или "лечащей кистью", побыстрее будет, и покачественнее.
А что, кстати, делают в фотолабораториях с такими дефектами? В смысле, что там есть какое-то специальное ПО которое все дефекты устраняет самостоятельно и умно?
Касательно пересканирования. Обычно царапины находятся на эмульсионной стороне пленки, те которые на основе - обычно забиты пылью. Так вот, если у вас старая, порепанная пленка, то ее попросту надо помыть. Можно даже после промывки подержать в 10%-ном растворе глицерина. В результате промывки царапины на эмульсии отчасти затянутся, на основе - промоются.