Ответ: цветоделение и EPS
У нас подобная проблема была когда в типографии, в которой печатались (ну и тормоза там работали.... да наверное и сейчас работают), не могли сепарировать композитный ПДФ. Мы сепарировали публикации прям из кварка и делали сепарированные ПДФы. По цветам. Они эти файлы посылали на печать (кажется из Ридера) и вылазило разделение серых фоток на цвета. Откуда оно бралось, не понятно, но фак был на лицо. Это закончилось тем, что они-таки стали печатать на рипе и он сам делил композитные ПДФы.