Ответ: GREP в InDesign. Что и как
(?=\<[а-я])(\w*?)е
Менять на $1ё
Сделать несколько проходов (столько, сколько букв "е" может стретиться в одном слове; больше 5 трудно представить).
Но мне кажется, что задача стоит немного некорректно. По крайней мере, для русского языка.