Ответ: Управление памятью
Не могу сказать точно спасет или нет, но всеж, попробуй в конце скрипта делать очистку памяти. Т.е. обнули ВСЕ использующиеся переменные (кроме разве что appRef и docRef, они могут просто "схлопнуть" Иллюстратор).
Я просто точно незнаю как скрипты с памятью работают, когда дехаеш .EXE, он вроде сам "собирает" весь этот мусор, а скрипт теоретически может оставлять после седя всякое гадство.
P.S. На сой взгляд самые критичные всякие Array и Collection