Естественно в одной дирректории, дирректория, это обычный файл содержащий файловую структуру.
Из основной дирректории на неё ведёт указатель.
Дальше опять таки идём на таблицу FAT, честно говоря я не совсем помню, как я делал массированное восстановление файлов, возможно тупо заполнять партишен тэйбл последовательными указателями на следующий и следующий партишен.
Потом бил исходя из длины файла атрибутом последнего партишена, или сам Disk Editor это вычислял.
В общем то эти утилиты подобное и делают, потоньше, но... Ничего экстравагантного.
Да и помнится Undelate Нортоновский ещё под DOS делал то же самое. Но я восстанавливал и в ситуации, когда этих утилит не было под ту же MSX DOS, правда количество файлов была даже не сотня.