Ответ: вот такая незадача...
На самом то деле, это однозначно проблема типографии.
Хотя бы потому, что они были обязаны сверить пленки с распечатками.
Как такое могло произойти? Возможно, они как-то некоректно делали спуск полос и предпечатку. У некоторых хватает ума затягивать PDF в какой Илюстратор и из него уже писать файлы.
Другой вариант... Впрочем, поскольку я с PrePS'ом не работал, не знаю его логику... В общем, вроде в PrePS'е была опция оптимизации файлов. Причем, насколько я слышал, она может работать на уровне объектов, т.е. если у вас две одинаковых иллюстрации в PDF, то в файл типа помещается одна, а вместо второй - ссылка на первую.
Вот, в принципе, на этом этапе, может произойти все что угодно...