Ответ: Вставка векторных объектов через clipboard
Кажется, я нашёл зависимость, когда это происходит:
Если у объекта, имеющего абрис и заливку, стоить атрибут оверпринт на абрисе и/или заливке, то абрис, при импорте объекта в InDesign через клипборт, отделяется от заливки… вот так вот… : о