Ответ: Выравнивание с выключкой
Александр, вы, если я не ошибаюсь, работаете в восьмой версии QXP. В этом случае одной из причин явления, о котором вы сообщаете, могут стать переносы от Aextra Software. В свое время я этим вопросом интересовался и обнаружил, что алгоритм ставит лишь часть из возможных переносов, что на практике проявляется в "рваной" верстке, с увеличенными интервалами между словами. Чтобы подтвердить мое предположение или опровергнуть, пройдитесь по концевым словам строк с дырами и посмотрите, какие варианты переносов предлагает для них (слов) алгоритм. Если дело именно в этом, можно будет поставить дополнительные дискретные переносы...
Приведу пример: в слове "иезуитствуют" алгоритм QXP8 предлагает лишь один вариант: "иезу-итствуют". Понятно, что если на подобное слово придется перенос, это может привести к чрезмерному увеличению межсловных пробелов.