Это очень просто сделать с помощью Photoshop. File > Script > Image Processor. Натравливаете его на папку и ждёте.
Маленькое дополнение. Если ваши pdf, допустим, с крестами, а вам нужны jpg без крестов, откройте до запуска скрипта любой pdf и укажите Crop to: Bleed box. После этого запускайте скрипт.
Если ваш pdf многостраничный, то сначала потребуется запустить Acrobat и разбить его на страницы.