Индизайн - это не тот инструмент, который позволяет относиться к цветам легкомысленно.
Если цвет используется где-либо в документе, он обязательно будет иметь свой свотч и будет отображен в свотчах. Кроме того, свотчи индизайна по умолчанию глобальные, если меняется цвет в свотче, цвет меняется по всему документу.
Это замечательно.
Пример: в иллюстраторе попадаются сложные макеты с десятками цветов, а в палитре свотчей я вижу только registration и none и долго ломаю голову - а как здесь вообще с цветами работать?
Или вот приходит мне этикетка на руки, надо цвет плашек и текста поменять всюду с зеленого на синий, а быстро это сделать невозможно - конкретного свотча для этого нет. Свотчей вообще нет в палитре. Приходится играться ручками, color picker'ом или еще какими-то окольными путями решать проблему, которой бы не было, если бы свотчи в иллюстраторе были сделаны так же разумно, как в индизайне.