Имхо, никакой загадки нет. Кто плотно юзал чудо-заливку, тот знает. Спотыкается она частенько.
В ai есть допуск дырок, там такой проблемы нет. В inkscape тоже есть допуск, но там заливка, судя по всему, "экранная" -- порог задаётся как для растра, приходится заливать с перекрытием (grow/shrink), чтоб не было щелей, точности никакой.