1. Если это версии InDesign CC2014, то возможно. Делаем так — сохраняем копию публикации, экспортируем текущую в IDML, закрываем, открываем IDML, получаем свеженькую новую публикацию.
Внимание: если верстка выглядит как аппликация в детском саду, будет много ошибок оверсета текста.
2. Возможно, вы запускаете скрипт несколько раз в разных или конкретной публикации. InDesign омерзительно работает с памятью, постоянно зачем-то все откладывая себе на всякий случай, если происходит много разных действий, связанных с Undo (замена, скажем, того же текста), или собиранием информации в переменные. Так что если публикация очень большая и замен или операций с хранением каких-либо переменных (или мегапеременной какой-нибудь) будет много, то лучше сначала закрыть индез, подождать минуту-другую, чтобы он полностью выгрузился из памяти компьютера, запустить заново и только тогда запустить скрипт.