Проверить ваш файл нет возможности, но, какой бы "интеллектуальной" заливка не была, все же лучше пользоваться собственным интеллектом для правки контура, особенно, такого простого. Что касается вашего случая - чтобы выяснить, в чем именно накосячила "интеллектуальная заливка" переключите отображение в каркасный режим.