Ответ: Запись в Action?
Раз выбор режима наложения для кисти не записывается в экшен, то смотреть все равно придется в сторону создания новых слоев.
Если используется сложный "бутерброд" - слой с наложением отличным от Normal и по нему нужно рисовать кистью с наложением отличным от Normal, - то его можно заменить на два слоя с требуемыми режимами наложения, верхний из которых маскируется с помощью Clipping Mask.