Ответ: FRAME MAKER
Да ещё с прошлого тысячелетия, но не всё в нём, а только крупные книги с чёткой структурой.
К сожалению, разноколоночная вёрстка не автоматизируется: количество колонок -- свойство потока, а не абзаца, есть только исключение -- распашной абзац 1 колонкой на ширину всех колонок основного текста, это таки есть в свойствах стиля. Если две колонки в трёхколоночном -- делать руками связанный фрейм и в нём устанавливать индивидуальный оверрайд количества колонок. Неудобно, да. В таких случаях если слишком много ручной работы -- есть смысл пнуть дизайнера макета, пусть приумает свои художества совместимыми с имеющимся инструментом -- фреймом. Или задуматься над наделыванием разных мастерпейджев и автоматически применять их через masterpagetools. Короче, под конкретное дело и думать надо, фрейм -- инструмент, требующий вдумчивости...
Насчёт автоматического удаления пустых страниц -- это фича фрейма, по умолчанию так, см. format-page layout-pagination. Чтобы не удалилась, надо хоть что-то держать на ней, например, лишний пустой абзац.