Случайно оказался "голый" Acrobat DC, и вот
как-то так
только я так понимаю придётся на рипе прописать углы растрирования (можно через экспорт в ps прописать по отдельности).
Данный файл не сложный — пантон векторный, без растра с заливкой 100% и на белом фоне (Pantone 5415 — C56/M24/Y11/K34).
Делал так:
1. Разделил файл постранично.
2. Из файла с пантоном удалил всё кроме нужных элементов.
3. Через "Водяной знак" вставил pdf с пантоном в каждый файл, меняя параметр "Непрозначность" в соответствии со значением цвета в канале