[ID CS4-CS6] PANTONE Solid Coated с 4-значными номерами

У Вас, по-видимому, официальная?
Нет.
Провёл эксперимент
снова, дело совсем не ID, как я предполагал. Начинают конфликтовать даже если ID разный. Может дело в имени свотча 'hz'

Оставил одну версию библиотеки пантона, удалил
c:\Users\USER\AppData\Local\Adobe\InDesign\Version 16.0\en_GB\Caches\InDesign SavedData
там хранятся в том числе имена установленных библиотек, как это у CS6 хранится не знаю, думаю не отличается.
Все заработало.
 
Оставил одну версию библиотеки пантона, удалил
c:\Users\USER\AppData\Local\Adobe\InDesign\Version 16.0\en_GB\Caches\InDesign SavedData
Да. В случае с CS6 это «... \Version 8.0\ru_RU\Caches\InDesign SavedData»
Помогло в том плане, что все добавленные библиотеки стали теперь показываться в общем списке, а не под чертой. Но на то, что пантоны превращаются в Lab, не повлияло.
Но, возможно, дело в том, что формат файлов с пантонами как-то изменился после выхода CS6. Потому что при использовании родной библиотеки в поле «Pantone» я ввожу номер пантона, и именно номер там и остаётся. А в библиотеках v2 и v5 когда я в этом поле набиваю первую цифру, у меня автоматом вставляется спереди слово «PANTONE».

Кстати, в Вашем скриншоте, когда Вы открываете параметры образца, у Вас в поле «Pantone» пусто. А у меня там сохраняется номер выбранного пантона. Проверил в том числе и на Вашем примере: для Вашего пантона «PANTONE Yellow 012 C» у меня в этом поле «012», а у Вас пусто.

Кстати, у меня библиотека v5 имеет размер 131 993. А у Вас?