Если в публикации линки в RGB, значит они переводятся в CMYK при экспорте PDF. Это не единственно верный способ работы, но часто наиболее удобный. Можно переводить все линки в CMYK вручную в фотошопе, но это далеко не всегда оправдано.
Поскольку вам макет нужно править — вам дают публикацию...