Ответ: Съехал trim box
во-первых, включите "Display art, trim & bleed boxes" в префах. Все равно наверное пролистываете входные пдф, сразу бы увидели проблему
во-вторых, формулируйте тех.требования. Если написано "в пдф д.б. корректно прописаны боксы" -- это одно, а если "приносите пдф...