В общем так:
открываете один файл, начинаете запись, сохраняете как PDF (с нужными настройками и в тот каталог куда надо), закрываете файл, заканчиваете запись.
Запускаете батч, в Destination ставите None
(иначе насохраняет в ту папку немного лишнего)
Всё