Ответ: InDesign-> PDF-> Acrobat-> Supertrap
Делай из InD PDF 1.3, а не 1.4 (или выше) — тупо выбери пунктик «PDF/X-1a» среди стандартных набров настроек экспорта. И будет тебе всё, что нужно.
Если же InD-публикация недоступна, то напечатай из Acrobata в PS-файл, прогони через Distiller и треппуй уже тот PDF, который в результате получишь.