Заранее извиняюсь, если мой ответ не будет соответствовать течению топика. Я решила ответить по заголовку топика.
Мне пришлось работать с docx, потому, что только в этом формате я могу затащить большое количество сносок почти без нарушений.
Сейчас испытываю такой алгоритм.
1) Создала в Worde файлик со всеми нужными стилями шрифта. Я взяла стили из indesign: создала файл с нужными образцами и экспортировала в Word. В самом Worde стили "почистила" (например стилю курсива надо было назначить атрибут "не полужирный" дважды нажав на значок Ж(ирный) и то же для настроек "не надстрочный/не подстрочный" и всего остального). Мне важны все начертания и индексы, так что я набрала кучу стилей.
Обязательно должен быть стиль Regular (или названный как-нибудь еще) для обычного начертания.
2) Копирую этот файлик в рабочий файл (он тащит за собой и созданные стили). Делаю замены всех нужных начертаний/индексов на стили.
Последней делаю замену обычного ненадстрочного/неподстрочного. на Regular.
3) Этот рабочий файл загружаю в Indesign. И одним из первых шагов стиль Regular обратно меняю на Без стиля.
Почему все так сложно?
Русский курсив действительно не берется Индизайном, но "стилизованный" курсив импортируется, по моему опыту, аккуратно. То же и для других начертаний.
НО: начав "стилизовать" текст, нужно это делать до конца, потому что можно получить текст в верхнем индексе (или, что круче, шрифтом символ) до конца абзаца или до смены на другой шрифтовой стиль (хотя стили здесь, может, и ни причем). Для этого и нужен стиль Regular, который возвращает текст на место.
Если у вас нервы крепкие и хорошая внимательность, этот способ срабатывает.