app.userInteractionLevel = UserInteractionLevel.DONTDISPLAYALERTS;
var filePath = new File("C:/Users/keram/Desktop/Новая папка (5)/1 — копия.ai"); // Здесь нужно будет в цикле подставлять пути к файлам
app.open(filePath);
var doc = app.activeDocument
var NameFiles = doc.path //файл текущего документа
//Встроить линки, не трогать настройки по умолчанию
var SaveOptions=new IllustratorSaveOptions();
SaveOptions.pdfCompatible = true;
SaveOptions.embedICCProfile = false;
SaveOptions.compressed = true;
SaveOptions.embedLinkedFiles = true;
doc.saveAs(NameFiles, SaveOptions);
doc.close(SaveOptions.DONOTSAVECHANGES);
//app.quit();