Во-первых, вам надо было насторожиться уже на том этапе, когда заказчик приносил материал к книжке частями, и на том этапе оговаривать условия. Во-вторых. Вы не хотите делать epub или не знаете, как взять с клиента денег за это?Утверждает, что "нужно обязательно в трёх форматах выкладывать, требование Литреса".
Можно посоветовать следующее. Предложить заказчику принести от "эффективного менеджера" текст о том, что файл сделан криво и т.п. - в письменном виде, типа претензии. "Менеджер типографии считает то-то и то-то, потому что...". Желательно со стажем работы менеджера по специальности и его (менеджера) образованием. Одно дело - комментарии, которые кто-то сказал заказчику, а он интерпретировал по-своему, а другое - первоисточник. Полагаю, менеджер быстро сдуется и от своих слов откажется.
Можно попробовать сказать заказчику - формат, который вам нужен, не поддерживает то-то и то-то, что есть в макете, предназначенном для печати. Готовы ли вы пожертвовать этим в макете? - Готов! - скажет заказчик. - Тогда мы убираем это всё, за такую-то сумму.
Предложите такое образное сравнение. Вот ваш макет для типографии, он такой сложный, сравним с большой иномаркой, на которой вы ездите... а теперь вы хотите из нее сделать самокат, на котором дошкольник нарезает круги вокруг песочницы. Можно это сделать одной кнопкой? Нельзя? А почему, может, ваша иномарка некачественная?... Ну. и так далее.
А вообще, договаривайтесь на берегу и не отдавайте исходников до полной оплаты.