Теоретически это правильно.
Ну а практически что делать? Ведь перед вами тоже есть установки для конвертации в inDesign.
И я вряд ли менял заводские установки.
Первый раз попробовал такую же конвертацию несколько месяцев назад - та же история,
Защищенный режим выявился только тогда, когда я попытался проверить готовый .epub in Book Proofer.