Итог изысканий привёл к положительному результату, но, к сожалению, не в той форме, которой бы хотелось. Пришлось в ручном режиме переоткрывать каждую формулу в ChemDraw и из него выводить в PDF через Adoobe Distiller (собственных средств сохранения в pdf у ChemDraw нет). При выводе, кстати, приходится в ручном режиме для каждого документа в Document Settings в настройках Layout снимать галочку c пункта Page Overlap: Print Registration Mark (для всех документов выполненных с раскладкой Poster, - тоесть почти для всех : ) в противном случае в pdf будут выводится метки под обрез и пр...
После недельной мороки пришёл к таким выводам:
- при изготовлении формулы в ChemDraw лучше сразу настроить шаблон на основе раскладки Page а не Poster.
- нет смысла выводить формулу в ~eps ~wmf или другой вектор из самого ChemDraw, так как у него сугубо своё личное видение на обустройство этих форматов... - лучше сразу в pdf!
П.С.
К сожелению автоматизировать печать в pdf также не удалось, так как независимо от настроек Distiller (таких как: не запрашивать имя документа при печати) он не может получить корректно имя документа от ChemDraw и присваивает всем документам одно и то же: DDE Print Request. И да же после того как удалось подцепить интерфейс ChemDraw из VB (c JS почему-то так и не удалось) - это, в силу вышеописанных причин, проблему пакетной обработки документов cdx (родной формат ChemDraw) не решило.
П.П.С
Справка по родному ChemScrip практически нулевая (или за семью замками...). Сам ChemScrip требует независимой активации и я так и не добился от него работы в рамках shareware периода при том, что сам ChemBioOffice после регистрации заводится и прекрасно работает.